Al finalizar la época de la conquista, Huazalingo se constituyó en República de Indios dependiente de la Alcaldía Mayor de Yahualica.
La primera alcaldía fue edificada por Fray Antonio de Roa que al poco tiempo construyendo un templo más grande bajo la advocación del patriarca San José, al que se le dedicó el templo, que en su interior se admira un bello retablo de madera tallada y dorada, pinturas religiosas y admirables esculturas como sus columnas salomónicas.